Le indagini della cattedrale di Amiternum hanno restituito almeno 10 periodi di attività succedutisi dal primo insediamento di epoca classica (una domus di I secolo a.C.) fino alla realizzazione degli edifici religiosi e al loro definitivo abbandono (XIV secolo).

Periodo I:
La fase più antica della domus è costituita da due ambienti paralleli tra loro, separati da un corridoio esterno e suddivisi in vani pavimentati in modo differente, con mosaici a tessere bianche, lastre di marmo rosa e opus sectile.
All’interno del corridoio esistente viene realizzata una conduttura idrica, probabilmente collegata alla cloaca individuata lungo il paramento di uno dei muri (USM 321).

Periodo II:
Le strutture dei due ambienti della prima fase vengono successivamente abbandonate e sostituite da due muri paralleli tra loro (USM 11 e 12), leggermente declinati a NE. Il nuovo edificio, che condizionerà l’andamento delle successive fabbriche realizzate nell’area, decreta l’abbandono del precedente impianto, riutilizzato parzialmente come fondazione e obliterato dalla nuova pavimentazione.

Periodo III:
Poco dopo l’abbandono della domus (seconda metà del IV secolo), si assiste a un recupero sistematico dell’area, asportando le stratigrafie fino a riportare alla luce parte della canalizzazione (US 1108), che viene riutilizzata.
È in questa fase (tardo IV secolo d.C.) che viene realizzata l’esedra USM 314 relativa al primo edificio di culto cristiano (Edificio B), riutilizzando la canaletta per lo scarico delle acque reflue. L’edificio riutilizza alcune strutture della domus (USM 795, 12, 305, e anche la pavimentazione a mosaico US 777), usando come facciata l’USM 768.

Periodo IV:
Nel corso del V-VI secolo si assiste a una trasformazione di questo spazio (Edificio C) con l’impianto del grande fonte battesimale (USM 306–307), che oblitera l’originaria facciata (USM 768), e con la realizzazione dell’esedra in appoggio al paramento N dell’USM 305 e speculare al fonte ora detto (USM 304-541).

Periodo V:
Il muro laterale E dell’Edificio B (USM 300) viene riutilizzato nel corso del VII secolo per la realizzazione dell’abside dell’Edificio A (USM 400-293): una basilica a tre navate che si estende verso SE.

Periodo VI-VIII:
Nel corso dei secoli successivi (fine VIII – inizi IX) l’Area 6 (Edificio B ed Edificio C) perde la sua funzione di battistero, diventando un ambiente esterno nel quale si imposta un’area cimiteriale.
L’Edificio A, a tre navate scandite da pilastri e colonne, continua a vivere invariato fino al IX secolo, quando si assiste al restringimento dello spazio liturgico limitatamente alla sola navata centrale, e all’impianto di una schola cantorum decorata con lastre in intreccio vimineo bisolcato.

Periodo IX:
Durante le fasi medievali (XI-XII secolo) i muri laterali dell’edificio vengono inglobati nelle fondazioni di un ulteriore edificio liturgico (USM 255, 253). A questa fase di frequentazione appartengono la fossa fusoria per campane individuata a W nell’Area 5 (US -966) e l’area cimiteriale mai utilizzata (Area 5 e 7).

Periodo X: L’ultima fase di frequentazione (XIV secolo) consiste nelle sistematiche operazioni di spoglio che hanno rimosso gran parte del bacino stratigrafico esistente.